由于町田的住宅区大块地盘下沉，产生了巨大的“穴”。与此同时，发生了全体居民公185家几乎都被残酷杀害的神秘而残酷的杀人事件。这个无法认为这是人类所为的凄惨事件甚至找不到解决的线索。在这个事件背后，与神秘老人和被称为“多尔基的盒子”的禁忌的古代遗物有关。
五年过去了……近未来——东京。大都市的繁荣只是表面，在内部，大都市的终结，两极分化、犯罪都市化正在不断发展。在町田惨剧幸存者中的其中一人，申道蘭丸为了解决事件，成为了警察。接着，新的事件在?i谷发生了。似乎是毒品中毒患者的狂暴导致，但来到现场的申道等警察看到的可不是这么简单的事件。在那里，很明显，有非人的怪物蹂躏着人们。拯救束手无策的警察们的是特殊机动搜查队2课——特殊公安部，通称“特公”的队员，六条樱等人。令人惊讶的是，他们拿的不是枪或警棍，而是用刀解决了怪物。
接着，申道知道了之后2年，日本将直接面临毁灭的危机这一令人惊愕的状况。而且，为了击退从“穴”爬出来的怪物，申道必须直面悲剧命运。
